La escuela San José parte de una historia llena de amor, de humanismo y sensibilidad, refrendada en la memoria de la madre Amalia, quien, en su buen corazón, hace algo más de 70 años, quiso proyectarse a la sociedad sincelejana brindándole la oportunidad a los menos favorecidos para que estudiaran en las mismas aulas a las que asistía la gente pudiente esta ciudad a través del ejercicio de la jornada adicional de Col mercedes.

Como respuesta a esta labor replicada por cada una de las sucesoras y que en forma   relevante hizo la madre Cilia Bustos Ariza, quien entrega un hijo ya formado con el buen nombre de Institución Educativa San José. 

Ésta, a partir del 2003 fue instituida como tal, conformada por las escuelas tradicionales del entorno como Escuela Urbana del barrio Bogotá, Santa Cecilia, Mano de Dios y Getsemaní y su matriz mayor la escuela San José. Empezando una nueva página de su historia funcionando con originalidad en sus ubicaciones iníciales y luego a partir del 2004 en un lugar externo denominado Colegio Cultura Femenina.

Sin embargo, es solo hasta el 8 de enero del año 2003 se registra ante el Ministerio de Educación Nacional como una institución educativa de carácter oficial mixta; una de las más jóvenes del municipio de Sincelejo y alberga alrededor de 2.200 jóvenes estudiantes de escasos recursos económicos de la comuna 9 de la zona sur del municipio de Sincelejo, de condición vulnerable pertenecientes a los estratos 0,1, 2.